Morbidelli se tuvo que conformar con la segunda posición y en la tercera acabó el francés Johann Zarco (Ducati Desmosedici GP19), que había sido el más rápido de entrenamientos, en los que ya se vio que los pilotos de las Yamaha podían tener problemas, como así fue, salvo en lo que se refiere al piloto italiano.
Ni Fabio Quartararo, líder del mundial, ni Maverick Viñales, segundo en la clasificación del campeonato, estuvieron a la altura de las circunstancias y la séptima y decimocuarta posición así lo atestiguan ya que desde el principio de la carrera checa se vio que no iban a estar a la altura de sus competidores.
Aunque Morbidelli fue el primer líder, por detrás se produjeron muchos movimientos, como los protagonizados por los hermanos Aleix y Pol Espargaró que colocaron sus Aprilia RS-GP y KTM RC 16, respectivamente, en las posiciones de cabeza, aunque con el paso de las vueltas el de la fábrica de Noale fue perdiendo “fuelle” y el de la fábrica de Mattighoffen ganándolo, hasta que llegó a emparejarse con el francés Johann Zarco, con el que tuvo un percance que acabó con él por los suelos y con el de Ducati sancionado con una vuelta larga.
Pol Espargaró, por entonces, se iba hacia adelante en busca de un Brad Binder que quería “cazar” y cazó a Franco Morbidelli, mientras que Pol Espargaró quería superar a Zarco, por entonces tercero, pero se tocó con él y acabó por los suelos.
A Zarco le sancionaron por esa acción y supo sacar “oro” de la penalización, que hizo de manera magistral, a un ritmo impresionante, para mantener la tercera posición de los ataques de un Fabio Quartararo que, en esos momentos, ya perdía terreno a pasos agigantados, tanto con Alex Rins (Suzuki GSX RR), que acabó cuarto, como con Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1), que fue quinto.
Alex Espargaró finalizó en la décima plaza, con Maverick Viñales en una más que discreta decimocuarta plaza, justo por delante de Alex Márquez (Honda RC 213 V) y de Tito Rabat (Ducati Desmosedici GP19), mientras que Joan Mir (Suzuki GSX RR) e Iker Lecuona (KTM RC 16) se tocaron entre ellos y acabaron fuera de carrera antes de llegarse al ecuador de la misma.
El italiano Enea Bastianini (Kalex) consiguió su segunda victoria consecutiva en Brno, lo que unido a la undécima posición del japonés Tetsuta Nagashima (Kalex), que hasta ahora era el líder de la categoría, le permitió auparse hasta esa primera plaza en la tabla de puntos en una carrera que dominó desde el mismo momento en que se apagó el semáforo, cuando sorprendió a sus rivales de la primera línea y se marchó en solitario hasta ver la bandera de cuadros.
Sólo el británico Sam Lowes (Kalex) y el estadounidense Joe Roberts (Kalex), autor de la “pole position” pudieron inicialmente seguir el ritmo de “la bestia”, que se mantuvo firme en la primera posición y aunque en algunos momentos el inglés pareció que le podría alcanzar, no fue así.
Tras el trío de cabeza hubo inicialmente un nutrido grupo perseguidor en el que estaban Jorge Martín, Marco Bezzecchi, Luca Marini, Augusto Fernández, Marcel Schrotter, Hafizh Syahrin, Xavier Vierge, Jorge Navarro y el líder del mundial, Tetsuta Nagashima, que ya no pudo avanzar más en lo que quedaba de carrera.
Mientras por delante se consolidaron las tres primeras posiciones, por detrás hubo una serie de cambios, pero al final Luca Marini pudo imponer su ritmo frente a Augusto Fernández, que acabó quinto, su mejor resultado de la temporada, con Jorge Navarro (Speed Up) séptimo, Jorge Martín (Kalex) octavo, Arón Canet (Speed Up), décimo, y Xavier Vierge (Kalex), duodécimo; mientras que fuera de los puntos acabaron Marcos Ramírez (Kalex), decimonoveno, y Edgar Pons (Kalex), vigésimo.
El italiano Dennis Foggia (KTM) consiguió su primera victoria en la categoría de Moto3 en un final apretado entre cuatro pilotos, con el español Albert Arenas (KTM), el japonés Ai Ogura (Honda) y el también italiano Niccolo Antonelli (Honda), que por ese orden atravesaron la línea de llegada.
Arenas fue el más rápido en las primeras curvas tras apagarse el semáforo, mientras que el autor de la “pole position”, el español Raúl Fernández (KTM), se dejaba sorprender por varios pilotos y a la postre no era capaz de aguantar el ritmo de los de cabeza para tener que conformarse nuevamente con una sexta posición final.
El líder del mundial, que ahora lo es más al ampliar hasta los 18 puntos su ventaja sobre el japonés Ai Ogura, que ha adelantado a su compatriota Tatsuki Suzuki (Honda), que no pudo puntuar al irse por los suelos en la última parte de la carrera, intentó sorprender a todos sus rivales en las primeras vueltas, pero no tuvo esa posibilidad y la carrera se reagrupó primero con quince pilotos por delante, luego con diez y al final esos cuatro que en la última vuelta se jugaron la victoria.
Foggia había conseguido unos metros de ventaja mientras Arenas y Ogura se peleaban, que fueron suficientes para conseguir su primera victoria, si bien la segunda plaza de Arenas fue un excelente resultado que le permitió consolidarse en la clasificación provisional del mundial.
Raúl Fernández acabó en la sexta plaza, con Jeremy Alcoba séptimo y ya fuera de los puntos Sergio García, que remontó desde la vigésimo séptima plaza, pero al final pagó en cierta medida el esfuerzo y no pudo sumar un solo punto, como tampoco Carlos Tatay, que fue decimoctavo, mientras que Jaume Masiá y Alonso López no pudieron acabar la prueba al sufrir sendas caídas sin consecuencias para su integridad física.